Die sieben Institute des Forschungsverbundes haben eine Gemeinsame Verwaltung mit Sitz in Berlin-Adlershof. Jedes Institut hat zusätzlich ein Verwaltungsteam vor Ort. Alle Beschäftigten in der Verwaltung zusammen bilden die Verbundverwaltung.
Dr. Nicole Münnich ist seit Dezember 2021 Geschäftsführerin des Forschungsverbundes Berlin e.V. (FVB). Bis dahin leitete sie sechs Jahre lang das Referat „Hochschulen, wissenschaftliche Zentren, Digitalisierung und Künstliche Intelligenz“ und war Stellvertretende Leiterin der Abteilung Wissenschaft und Forschung im Ministerium für Wissenschaft, Forschung und Kultur des Landes Brandenburg. Zuvor arbeitete sie über fünf Jahre in verschiedenen Positionen an der Humboldt-Universität zu Berlin. Sie war u.a. Leiterin des Präsidialbereichs, Referentin der Vizepräsidentin für Haushalt, Personal und Technik sowie Leiterin der Stabsstelle Exzellenzinitiative. Im Rahmen ihrer Promotion im Fach Geschichte an der Universität Leipzig war sie Fellow am Transatlantischen Graduiertenkolleg Berlin-New York, das von der Deutschen Forschungsgemeinschaft gefördert wurde.